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Predição da estrutura da proteína usando PSSM? Ou não?

Predição da estrutura da proteína usando PSSM? Ou não?


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Tenho estudado algoritmos de predição de estrutura de proteínas. Muitos trabalhos recentes usam algo chamado PSSM, a matriz de pontuação específica da posição.

Acho que o que um PSSM faz é construir uma matriz 2-D de todos os pares de resíduos possíveis em uma proteína e, em seguida, pontua a probabilidade de os dois resíduos sofrerem mutação em conjunto. A coevolução de duas posições distantes uma da outra na sequência primária é uma indicação de que elas estão em contato. Quando um resíduo em um par de contato muda, isso geralmente desestabiliza a proteína, e o outro resíduo no par está sob pressão seletiva para compensar. Saber disso é um bom começo na construção do mapa de contato das proteínas.

Eu entendi direito?

Se isso estiver correto, então esta técnica de previsão da estrutura da proteína depende de ter muitos exemplos de proteínas em uma família homóloga. Você precisa da natureza para fazer muitas amostragens para você. E você precisa desenterrar um grande número de homólogos de projetos de genômica. Eu li que a criação de alinhamentos de sequência múltipla para o trabalho do PSSM exige muito do computador. Se entendi o processo corretamente, posso ver o porquê.

Minha pergunta principal é: o que os modelos de previsão de estrutura de proteínas construídos usando PSSM podem fazer, quando não há um PSSM?

Por exemplo, a proteína Top7 é uma dobra de proteína totalmente nova que não possui nenhum homólogo na natureza. Foi criado em 2003 com o software RosettaDesign. Os algoritmos de previsão da estrutura da proteína da Rosetta são anteriores ao PSSM, até onde eu sei. Dezesseis anos depois, existem exatamente seis variantes do Top7, todas feitas em laboratório. Isso dificilmente soa como dados suficientes para um PSSM estatisticamente válido e, em qualquer caso, as variantes não foram selecionadas naturalmente.

Se você não tem um PSSM, é possível inserir sua sequência em um modelo que espera um?

Obrigado pela sua contribuição.


Acho que você está fazendo com que os PSSMs sejam muito mais sofisticados do que realmente são.

Um PSSM é meramente uma matriz de pontuação - dá pontuações específicas de posição para cada resíduo em um determinado local.

Não há emparelhamento explícito de resíduos de interação, embora isso pareça uma abordagem interessante ...

Você pode aprender mais sobre PSSMs de muitas fontes em bioinformática, incluindo NCBI.


Assista o vídeo: Memorize The 20 Amino Acids - The Easy Way! (Julho 2022).


Comentários:

  1. Feige

    I agree, a useful thing

  2. Christofferson

    Parabéns, quais são as palavras certas ... um grande pensamento

  3. Frewen

    Estou finalmente, sinto muito, mas ofereço-me para ir por outro caminho.

  4. Digor

    Em vez de críticas aconselhar a decisão do problema.

  5. Anthany

    Ei você! Pare!



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